草系御三家
梧桐小虫
树虫神奇宝贝，体表深绿色，与夏天时的梧桐叶浑然一色。当梧桐叶落的季节到来时，便是它们集体进化的时节。
属性：草+虫
种族值：275（生命：55，物攻：35，物防：50，特攻：40，特防：45，速度：50）
性别比：雌：雄＝50：50
进化链：梧桐小虫16级进化成梧桐飞虫（草＋虫，种族值：435），36级进化成梧桐蜻蜓（草＋龙，种族值：525，特攻高，。
在进化过程中，属性中的虫系会转变为龙系，故如果过早进化成最终形态，则无法习得高级虫系技能——信号光束。因此，训练家的梧桐蜻蜓能否使出信号光束往往反映出该训练家的训练水平的高低。
火系御三家
火陆龟
炎龟神奇宝贝，移动速度非常迟缓，但是会在火山口处收集熔岩，从而拥有岩石制成的硬壳，可以抵抗相当强度的攻击。身体完全缩回壳中时，外表与岩石无异，从而捕捉经过的猎物。
属性：火
种族值：275（生命：75，物攻：20，物防：90，特攻：20，特防：55，速度：15）
进化链：火陆龟16级进化成爆炎陆龟（火+岩，种族值460），36级进化成火山巨龟（火+岩，种族值535，物防高，特防高）
火山巨龟的体内温度高达5000度，有流动的熔岩，是为数不多的可以学会技能火山爆发的神奇宝贝。野生个体大都生活在内陆的火山地区，弱点是夜晚时体内熔岩会凝固，容易受到天敌的攻击。
由于火山巨龟身高数米，体重接近三吨，所以选择火陆龟的新人训练家为了节省神奇宝贝食物的费用而给其携带不变石。不过对于追求强大的训练家来说，这可能并不算什么。
水系御三家
神秘水滴
身体全部由液体组成，液体的成分至今是谜。平时的外形为水滴形状，但是在受到威胁时可以改变自身外形以躲避危害。种群中雄性极为稀少，但是雄性进化成最终形态后拥有惊人的力量。
种族值：275
（生命：60，物攻：45，物防：55，特攻：45，特防：35，速度：35）
性别比例：雌：雄＝99：1
进化链：雌性神秘水滴16级进化成浪花姑娘（水＋妖精，种族值：，36级进化成天池圣女（水＋妖精，种族值：520，特攻高，
雄性神秘水滴16级进化成踏浪小子（水＋格斗，种族值：502），40级以后在三峡地区提升等级进化成瀚海君主（水＋格斗，种族值：625，拥有准神实力，物攻高，特防高）
由于新人训练家拿到的几乎都是雌性，加上外表比较可爱，因此受到大多女性新人训练家的青睐。不过，一旦收服一只雄性，就需要很大的精力去培养。如果能够进化到最终形态，将会拥有与同级别神兽相抗衡的力量。
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