故事开始约十几年前
威廉·奥维尔（后方之水）在俄罗斯西部支援了被俄罗斯成教部队追杀的魔法结社占星施术旅团并一人击溃了俄罗斯成教的精锐部队。
同一段时期也在法国中部阻止并歼灭了将无辜少女作为贞德神谕试验品的法国最大魔法结社奥尔良骑士团。
故事开始约十年前
威廉·奥维尔（后方之水）在多佛尔海峡法国侧解救了被西班牙星教派袭击的英国三王女薇莉安。此后，拒绝了成为骑士的邀请离开了英国，为了从外部保护英国而加入了神之右席。
英国清教所属十三骑士团之一的先枪骑士团（1stlancer）在一个日本小山村内找到了站在灰烬之海中的少女:姬神秋沙。
故事开始约一年前秋季至冬季
一方通行受邀参加了[绝对能力实验计划]。
在研究所内，妹妹1号（未知编号）在初次试验中被一方通行所杀。
风纪委员训练所，白井黑子与初春饰利初次相识。
白井与固法美伟、初春三人在邮局遭遇劫案，固法前辈为保护白井而受伤。
在某位超能力者的暗中帮助下，白井制服拥有绝对等速能力的抢劫犯，案件结束。
白井黑子的空间移动能力在这次事件中得以显现。
1月、第三个星期五
skillout三笨蛋（驹场利德、滨面仕上、半藏）半夜盗窃atm机被警备员黄泉川爱穗逮捕，半藏对她一见钟情。
2月、第一个星期五（伦敦时间）
英国·伦敦
神裂与牛仔裤店长遇见了剪牛仔裤魔:自称瓦尔基里的少女，最后店长和少女都被神裂所讨伐。
2月、第四个星期五（罗马时间）
意大利·米兰
在外国出差归来上条刀夜想在魔草调配师芭尔比娜处购买奇怪的土特产送给儿子当麻，正好偶遇正在追捕芭尔比娜的罗马正教修女丽多薇雅·罗伦婕蒂。
刀夜向修女吐露心中的烦恼，丽多薇雅听完随即将芭尔比娜的土特产赠送给他。（魔法天使坠落形成原因之一）
3月、第三个星期五（3月15日）
削板军霸（能力：念动炮弹，排名第七位的超能力者）在小巷内将遭到抢劫的原谷矢文救出，随后只用三拳就将不良头目——自称对能力者战斗专家的横须贺打倒。
4月、第一个星期五（巴西利亚时间）
巴西·里约热内卢
贫穷的巴西少女伊捏丝与自称综合顾问的御坂旅掛相遇。
听从御坂旅掛建议，伊捏丝日后以回收废旧家电事业为基础成为了成功的商人，开始向记者讲述这一段趣闻。
4月、第四个星期五
白井黑子在自己学校专属的美容院内理发，并和理发师坂島道端闲谈一些关于原石以及冷战时代开发超能力者等等传闻。
5月11日（8月11日的三个月前）
妹妹（9982号）在某研究所内诞生。
听从女研究员的命令，妹妹（9982号）着手处理数十位妹妹的尸体。
5月、第二个星期五（罗马时间）
意大利·米兰
本应成为魔神男人奥莱尔斯从溃灭的人贩子组织手中解救出100多个小孩子。
将小孩子们交给西尔维娅后，奥莱尔斯离开了米兰城去完成某件事情。
5月、第三个礼拜五左右
滨面仕上与追随自己好友半藏而来的女忍者小郭首次相识。
5月、第四个星期五
滨面仕上关于自己的好友半藏是不是超级忍者的猜想，被女忍者小郭消除。
换校服之前（设定中冬服与夏服换装的时段）
布束砥信陪同一名“妹妹”从实验室出去进行“外部实习”，布束砥信被“妹妹”的单纯所感染，决心拯救她们。
6月、第二个星期五
工山规范（黑客）开始挑战学院都市传说中的电子领域守护神（初春饰利），败北后被警备员逮捕。
6月17日左右
御坂美琴在路上遭到不良少年们的搭讪，路过此处的上条乱入想帮忙，两人的孽缘从此开始。
美琴被激怒时放出的电流被上条的幻想杀手消除，此后数次见面都会演变成“遭遇→逃跑……”这样的循环模式。
7月1日—3日
俄罗斯东部某城市·学院都市驻俄罗斯协力机关[购物中心（window－shopping）]
美琴受邀来到俄罗斯东部的巨大购物中心参加学园都市与其协力机构共同举办的能力演示会，并遇到了“新生之光”魔法师蕾莎等人。
中途卷入了由法国的协力机构策划的购物中心（window－shopping）利用核子袭击学园都市的巨大阴谋中，在蕾莎及“新生之光”全员的帮助下最终解决事件，事件过后的美琴回到学院都市。
7月、第一个星期五（伦敦时间）
英国·伦敦·某酒馆内
上条刀夜和同事田中以及过来搭话的御坂旅掛一起喝酒聊天。
某位原石的少女突然出现并向刀夜求救，刀夜和田中度过了惊险刺激的一夜。
7月、第二个星期五
高中女生云川芹亚与学院都市统括理事会理事之一的贝积继敏在电话中谈论关于原石的话题，随后站在走廊上嘲笑被水淋湿的上条当麻。
时间不明（外传漫画中推断为7月16日前）
在都市内发生多起虚空爆炸案，致使多名执行任务的风纪委员负伤。（最终受伤人数上升至九人）
7月16日
某银行发生劫案，两名劫匪（其中一名是等级3的发火能力者）被在场的白井黑子逮捕。
第三名劫匪开车逃跑时被美琴用超电磁炮轰飞，劫案告破，无一人伤亡。
7月17日
上午——
美琴与白井的同事初春饰利在喫茶店内聊天，不过中途白井以工作为由将初春带走。（初春的袖章遗留下来）
另一名不知姓名的风纪委员出现，并依靠初春遗漏的袖章将美琴误以为是新加入的风纪委员，带她去执行任务。
花了半天时间找到一位小女孩的包包之后，美琴的误会解除。
下午——夜晚时分
从误会中脱身的美琴遇见了身处不幸之中（被atm机吞钱）的上条当麻。
两人随后在河堤上开始决斗，由于上条在中途逃跑，最终还是演变成了一夜的追逐战。
7月18日
美琴与白井讨论虚空爆炸案件，拥有犯案能力量子变速的大能力者（等级4）釧路帷子在谈话中闪现。
美琴、初春以及初春的同学佐天泪子三人一起去服装店第七迷雾买衣服，在店内遇见了帮助小女孩买东西的上条当麻。
第七迷雾内发生虚空爆炸案，不过因为有上条和美琴的活跃，无一人伤亡。
犯案嫌疑人被美琴抓住，案件结束。
7月19日
为了获取都市传说中可以提升能力的道具幻想御手的情报，美琴与白井两人前去不良少年聚集的餐厅。
美琴想从不良少年获取幻想御手的情报却因为上条的介入而失败。
不良少年们在追逐中被美琴一一电晕。
追逐上条到铁桥上的美琴被上条激怒，发动大范围的雷击致使周边地区电力瘫痪。
7月20日（暑假第一天）
上午——午前
虚空爆炸案的嫌疑犯陷入原因不明的昏迷中。
美琴与白井两人去医院调查此事，在医院内与研究员木山春生初次会面。
上午
上条与挂在阳台上出现的茵蒂克丝相识，并请她吃东西。
上条与茵蒂克丝在宿舍分别后去学校补习，月咏小萌老师出场。
下午——傍晚时分
佐天从网上下载到载有幻想御手的音乐cd，找到初春饰利，想炫耀一下。
美琴、白井与木山春生在医院外的喫茶店内聊天，佐天和初春半途加入，由于从谈话中得知幻想御手具有危险性会被收走，佐天并没有说出自己得到音乐cd的情况。
各自分别后，美琴察觉到附近有上条的存在，前去找他。
下午——晚上
补习后的上条在回宿舍的路上遇到美琴，不过美琴却被上条哄吓住，两人就此分别。
回到宿舍的上条见到倒在血泊中的茵蒂克丝，与前来追捕她的魔法师史提尔·马格努斯交战。
上条利用消防洒水器，淋湿了史提尔的符文卡片，封死了他的必杀技狩猎魔女之王，将史提尔击败，并背着茵蒂克丝从宿舍逃脱。
上条将负伤的茵蒂克丝带往小萌老师家，茵蒂克丝借助小萌老师施展恢复魔法治愈伤口。
7月21日
上午——
茵蒂克丝苏醒，上条开始借住小萌老师家里让她疗养身体。
白井黑子从初春以及木山春生处调查到幻想御手的实体是音频软件，于是前往某交易地点调查。
在交易地点出现的佐天被不良混混抓住，白井及时出现并与不良们展开战斗。
白井用摧毁废弃大楼的办法战胜了拥有偏光能力的不良头目。
7月23日（7月、第四个星期五的三天前）
女杀手史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯否定同行兼老师的砂皿致密的狙击暗杀风格。
7月24日
上午——傍晚
佐天的友人因使用了佐天提供的幻想御手而陆续昏迷，佐天泪子在与初春通电话后也陷入昏迷，全员被冥土追魂的医院收治。
赶到医院的美琴与白井从冥土追魂处得知制作幻想御手网络的脑波频率与木山春生相似，判明犯人。
前去与木山春生谈话的初春无意中发现她的秘密，被木山带走。
木山利用幻想御手所得到的多才能力，将拦截她的警备员全部击溃。美琴赶到出事现场与木山对峙。
在两人的交战中，美琴通过电磁波与木山春生[幻想御手]脑波网络进行了连接，得知了她的记忆。
被美琴击败的木山春生从身体之中泄露的aim扩散力场形成了一个形似胎儿的迷之生物体幻想猛兽，美琴之后与处于暴走状态中的幻想猛兽交战。
初春饰利在警备员的帮助下播放木山给予她的幻想御手治愈音频程序，幻想猛兽防御能力被瓦解。
变弱的幻想猛兽最终在美琴的超电磁炮攻击下消失。
木山春生被逮捕，因幻想御手而昏迷的人群全部苏醒，幻想御手事件结束。
初春去医院看望已经苏醒的佐天泪子。
晚上——
茵蒂克丝痊愈，上条决定带她去澡堂洗澡。
在去澡堂的路上上条初次遇到了同样前来追捕茵蒂克丝的魔法师·神裂火织。
上条在与神裂的交战中败北，被神裂击晕。
幻想猛兽战斗结束八小时后，美琴与白井因违反宿舍的门禁时限被常盘台中学宿舍的舍监逮住。
7月25日
作为违反门禁的处罚，美琴与黑子两人负责打扫学校的游泳池。
美琴此时结识了黑子的同学湾内绢保和泡浮万彬。
七月、第四个星期五（7月26—27日两天皆有可能，日版资料偏向于26日）
狙击手砂皿致密替完不成暗杀任务的史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯善后。
7月27日
晚上——
昏迷三天后的上条当麻苏醒，并从神裂和史提尔口中得知午夜时分将要消除茵蒂克丝的记忆。
心有不甘的上条从小萌老师通电话中得到启示，解开暗藏在茵蒂克丝大脑中的秘密。
7月28日
午夜00：00—
上条将茵蒂克丝口中的魔法符文破坏，自动书记启动，开始操纵茵蒂克丝用魔法攻击上条。
处在战斗状态下的“茵蒂克丝（自动书记模式）”释放的魔法龙王的叹息将漂浮在宇宙的人造卫星织女一号摧毁，搭载在卫星内的超级电脑树状图的设计者同时被毁。
在史提尔以及神裂的帮助下，上条终于摧毁了控制茵蒂克丝的项圈，不过他却从此失去了过去的所有记忆。
下午——晚上
上条在医院苏醒，见过探望他的茵蒂克丝后与医生冥土追魂谈论起自己失忆的事情。
21：40（超电磁炮33话）
学院都市的搜索队将树状图的设计者的一部分“残骸”回收。
7月30日
超电磁炮33话
通过对“残骸”的解析，学院都市高层得知树状图的设计者被来源不明的大规模热源所摧毁。
8月1日
运送卫星燃料的货车被恐怖份子远程遥控，发生紧急事件。
警备员黄泉川爱穗与风纪委员初春饰利合力确保货车以及司机的安全。
狙击手砂皿致密接受警备员的委托，使用钢铁破坏者(metaleater)破坏了货车必定要前往的桥梁。
在初春以及黄泉川的努力下，货车安然无恙。
事件结束时，美琴和白井正准备去逮捕幕后主使者。
8月8日
上条和茵蒂克丝一起去购买参考书，中途遇见自己的同学蓝发耳环。
三人于是又去冷饮店吃东西，在店内与穿着巫女服的少女——姬神秋沙相识。
史提尔·马格努斯通过结标淡希的坐标移动能力来到了一栋没有门窗的大厦，与学院都市统括理事长亚雷斯塔·克劳利会面。
在冷饮店内的姬神向上条借钱，随即被几位黑衣人带走。
史提尔·马格努斯找上上条，并要求他一起去解救被关押在三泽塾补习班的姬神秋沙——拥有吸血杀手能力的少女。
两人进入三泽塾补习班并将炼金术师奥雷欧斯·伊萨德的分身击破，但却被真正的伊萨德用金色大衍术消除部分记忆。
茵蒂克丝出现在三泽塾补习班，被伊萨德带走。
上条在幻想杀手作用下恢复记忆，并在补习班外围目睹罗马正教骑士团施展的魔法葛利果圣歌被伊萨德用金色大衍术反弹。
上条和史提尔回到三泽塾补习班与伊萨德进行最终战斗，上条右手被斩断，从断腕处出现的龙王之首致使奥雷欧斯·伊萨德败北。
8月9日
上条的右手被医生冥土追魂接回，史提尔和茵蒂克丝来看望他。
上条从史提尔处得知奥雷欧斯·伊萨德从此失忆，但却被史提尔用火焰进行了整容以躲避追杀，从此踏上新的生活。
8月10日
上午——下午
美琴作了一个关于自己幼年时提供dna样体的梦。
美琴与黑子在街上发现有人在小巷内捡取人为散发的银行卡，引起了她们的注意。
从风纪委员177支部出来的美琴遇到捡取银行卡的佐天泪子，被她硬拉着帮忙了半天。
下午——晚上
与佐天分别后的美琴无意中听到一群小混混们盯上了一个到处散发银行卡高中女生，出于好奇，美琴偷偷跟过去围观。
为求财而来的小混混在一栋商用住宅内抢劫散发银行卡的高中少女，但过程中被高中少女用寿命中断（实际上只是言语暗示）击溃，少女之后对偷偷观战的美琴说了一些奇怪的话。
为了弄清楚真相的美琴透过黑客手段了解到这名少女的资料：长点上机学校三年级学生布束砥信。
为了彻底解开布束砥信谈论自己的传闻，美琴利用调查来的资料半夜潜入樋口制药·第七药学研究院调查与自己有关的传闻真相。
潜入研究院的美琴在电脑内发现与自己有关的量产能力者实验计划已被冻结，放心的离开后，某位“妹妹”出现并将研究资料全部删除。
8月11日
美琴与黑子谈论自己的烦恼已经消除了。
8月15日
早上——
闲逛游玩的美琴与自己的克隆人：妹妹（9982号）偶遇，赶到非常震惊。
从两人谈话的中美琴得知某个实验的存在以及一个暗号，有些疑惑的美琴无法套出更多有用的信息，只好带着妹妹（9982号）游玩了半天。
晚上——
两人分别后，妹妹（9982号）在小巷内与某位白发少年见面。
（21：00——），第九九八二次实验正式开始。
美琴通过初春的帮忙解开暗号，并得知了绝对能力进化实验的存在。
赶来的美琴在实验现场目睹妹妹（9982号）被白发少年杀害，悲愤之余的她向那位白发少年发起攻击。
白发少年的能力使美琴的攻击全部无效，连必杀技超电磁炮的攻击都被反射。
在白发少年发动攻击前，大批妹妹赶来并阻止了两人继续战斗，白发少年受到警告后离开。
离开时，白发少年向美琴告知了自己的名字：一方通行。
8月15日——18日
超电磁炮25－30话
美琴与布束砥信再次见面，表明自己不会就此屈服的决心，之后美琴大肆破坏与绝对能力进化计划有关联的研究设施。
破坏活动引起了实验计划高层的关注，实验高层决定雇佣暗部道具（item）来进行防御。
道具（item）四名核心成员接到命令后准备迎击潜入研究所的“破坏者”。
道具（item）成员之一的弗兰达在[水穗机构病理解析研究所]埋伏潜入的“破坏者”美琴（为了一半的佣金擅自提前行动），遭到美琴的反制，两人追逐至一个封闭的空间内。
布束砥信被邀请来到了s制药公司脑神经应用分析所（与实验有关的一处研究所），发现研究人员正在将所有的研究资料进行转移。
在弗兰达的爆破技巧以及欺骗战术的压制下，美琴的能力被迫封锁，遭受弗兰达的打压，但最后还是化险为夷。
正准备审问弗拉达的美琴被赶来的道具（item）另外两人：麦野沈利以及泷壶理后逼退到通风管道内。
在实验地另一处的布束砥信正准备趁乱进行妨碍实验的工作，被早已埋伏好的道具（item）成员娟旗最爱捕获，布束砥信以后的下落不明。
在麦野沈利以及滝壺理后的双重配合之下，美琴渐渐被逼入绝境。
察觉了美琴真实身份的麦野在虚荣心的驱使下，支走了弗兰达以及泷壶理后两人，自己独自留下来想击败美琴。
美琴依靠弗兰达遗留下来的人偶炸弹以及陷阱，将处于绝对优势的麦野沈利击退，并在成功摧毁了设施内部的电脑后逃脱。
留下来的麦野从逃脱的研究员那里抢来了[绝对能力进化实验计划]的资料，得知了该实验的全貌。
时间不明(推断为8月19日）
在深夜使用钢铁破坏者狙击一方通行的妹妹（番号不明）被一方通行所杀。
8月20日
上午——
御坂美琴一大早就潜入s制药公司脑神经应用分析所内，但发现里面空无一人，因而乐观的以为实验因为她的妨碍被暂停了。
在公园的上条购买饮料的两千日元（纸币）被自动贩卖机吞掉，而在此时路过的美琴则使用能力帮忙，却反而拉响了警报。
上条先后认识了白井黑子以及美琴的“妹妹”（有可能为10032号）两人。
拉走妹妹离开的美琴因为无法阻止实验而自责，并且对妹妹乱发了一通脾气，两人分别。
下午——傍晚
分别后的上条又在路上偶遇到另一位妹妹（番号不明），妹妹帮助他搬运大量的饮料瓶回宿舍。
在宿舍内，上条与妹妹见到了土御门元春的义妹——土御门舞夏。
在家门口见到正在为三色猫斯芬克斯除虱子的茵蒂克丝和姬神秋沙两人，妹妹用能力替她们解决了这个问题。
继续调查的美琴发现实验依然在进行，回到宿舍与黑子闲聊后下定决心要彻底解决这个噩梦般的实验。
8月21日
上午——
补习课后想回家的上条在路上碰到了忧郁的美琴，两人谈论了关于超级电脑树状图的设计者的话题后分别。
分别后的美琴前往了学院都市二十三学区[宇宙开发区域]，潜入了树状图的设计者情报收发中心，发现里面已经因为树状图的设计者被摧毁而空无一人
上条又在路上偶遇见想要收养黑猫的妹妹（番号不明），带着她一起去买饲养宠物的书。
上条在买书期间，妹妹在外面的小巷内与一方通行进行战斗实验，被杀害。
从树状图的设计者情报收发中心离开的美琴再度潜入与实验有关的一处研究所大肆破坏，但却通过监控室看到了妹妹在小巷内遇害的过程，万念俱灰。
从店内出来的上条在小巷内找到妹妹的尸体，于是赶紧通报警备员，可是尸体却在这期间消失。
充满困惑的上条在小巷深处见到了长着同样模样的数十位妹妹以及被杀害的那位妹妹尸体，妹妹们在确认上条无事后先行离开。
晚上——
为了探寻究竟，上条前往常盘台中学宿舍寻找美琴，被白井黑子接待。
白井因为舍监的出现而让上条躲在床底下，离开房间。
在床底下的上条发现了暗藏在公仔熊内的绝对能力进化实验资料，读完资料后他开始寻找美琴。
在大桥上找到美琴的上条为阻止美琴牺牲自己拯救妹妹的计划而受到她的强力电击，最终昏倒。
御坂妹（10032号）开始前往第一○○三二次试验地点。
苏醒的上条说服美琴，一个人前往第一○○三二次实验地点：位于都市西部郊区的派车场。
（20：30——），第一○○三二次实验正式开始。
受到一方通行攻击的御坂妹（10032号）被出现的上条解救，上条与一方通行开战。
随后赶来的美琴向妹妹（10032号）求助，利用分布在全都市的所有妹妹们合力消除了一方通行用能力制造出来的电浆体。
非常顽强的上条最终击败了一方通行，绝对能力进化实验计划从此以后被永久性冻结。
负伤的上条当麻随后被送往医院救治。
8月22日
清晨——下午3点
上条在病房内苏醒，御坂妹（10032号）、美琴、茵蒂克丝三人先后来探望他。
美琴和御坂妹（10032号）在一起时都说出了自己的心里话。
时间不明（推测为8月22之后）
美琴自己亲手制作了饼干想送给要出院的上条，但没有成功，不过美琴的心情却变得非常好。
8月、第四个星期五
四位“妹妹”因为恋爱占卜的事情吵翻天，妹妹（10090号）在谈话中透露天井亚雄制作的妹妹（00000号）行踪不明。
8月下旬某日（从内容上推测为8月27日白天的可能性较大）
超电磁炮40话
刚转入常盘台中学2年级学生：婚后光子因为走错宿舍而在[学舍之园]迷了路，遇到正好被海原光贵邀请而想要脱身的美琴。
为了脱身，美琴装作婚后光子的朋友逃离，两人之后在[学舍之园]游玩了半天，有些迷糊的婚后光子将美琴的姓名误认为“海原美月”，直到9月中旬才解开误解。
8月27日（根据第四卷内容推测）
日本·神奈川县某海边
上条和茵蒂克丝以及上条的双亲入住海边旅馆海神，上条的表妹龙神乙姬半夜才入住。
魔法天使坠落发动。
8月28日
早上——
上条起床后发现旅馆内除自己和父亲外，所有人的样貌都改变了。
英国清教必要之恶教会的魔法师神裂火织和土御门元春出现，并向上条说明现状。
晚上八点——
上条带着神裂去见自己的家人，并在无意间撞见沐浴中的神裂。
逃狱犯火野神作从地板下出现并袭击上条，俄罗斯成教的魔法师米夏·克洛伊洁芙乱入并击退了火野神作。
8月29日
早上——
上条从新闻中发现火野躲在了自己的老家。
上条、神裂、土御门、米夏·克洛伊洁芙四人赶到上条老家，将火野神作击倒。
上条从土御门的推论中得知启动天使坠落魔法的犯人居然是自己的父亲上条刀夜，米夏·克洛伊洁芙于是先一步赶去排除犯人。
傍晚——
赶回旅馆的上条见到自己的父亲，米夏·克洛伊洁芙出现并现出真面目·大天使神之力。
神裂赶来牵制大天使的攻击，上条带着父亲回旅馆避难。
在旅馆内出现的土御门将上条和刀夜击倒，随后使用魔法赤术式将上条老家（仪式现场）轰掉，因体内的排斥反应晕倒。
魔法天使坠落解除，大天使神之力回到上界，真名为莎夏·克洛伊洁芙的俄罗斯成教修女重新取回身体。
8月30日
茵蒂克丝邮购的预言书《馬拉奇的預言》送到了上条宿舍。
8月31日（暑假最终日）
凌晨——下午
半夜购物回家的一方通行将找他求助的妹妹（20001号）—最后之作带往自己的住所休息。
上条半夜醒来，在茵蒂克丝撕咬中发现自己的暑假作业完全没做，不幸的一天开始。
从宿舍中外出的御坂美琴遇见常盘台中学理事长之孙——海原光贵。为了甩开烦人的海原，美琴抓住路过的上条当麻充当伪恋人。
真正的海原光贵出现在美琴面前，而伪装成海原光贵的阿兹特克魔法师开始袭击身旁的上条当麻。
两人追逐至某工地战斗时，海原光贵被倒塌的钢骨压住。
海原光贵要求上条答应他的一个约定被躲在墙角的美琴听到。（魔法师最后被上条交由土御门处理）
睡醒之后的一方通行将最后之作带往餐厅吃饭，发现参与绝对能力进化实验研究员天井亚雄在餐厅周围徘徊。
一方通行吃完饭后将最后之作独自留在了餐厅，自己则前往绝对能力进化实验所。
神道教魔法师闇咲逢魔强行侵入学院都市。
下午——晚上
到达研究所的一方通行从研究员芳川桔梗处了解到最后之作的特殊性以及研究员天井亚雄最近的不稳定动向，于是决定回餐厅找最后之作。
上条带着茵蒂克丝去餐厅吃饭，冲进来的闇咲逢魔将茵蒂克丝掳走，上条开始到处追寻他们。
一方通行回到餐厅，得知最后之作被天井亚雄带走,前往超能力者“超电磁炮”量产型开发计划的研究所。
在超能力者“超电磁炮”量产型开发计划的研究所门口，一方通行将最后之作脑中的所有电子病毒清除，但同时被天井亚雄射成重伤。
暗咲逢魔布置出神乐舞台，企图从茵蒂克丝脑中获取魔导书《抱朴子》的知识。
从研究所及时赶来的芳川桔梗将最后之作收容到培养器中，与天井亚雄互相对射至昏迷。
上条在大厦楼顶上发现受到魔导书侵蚀闇咲逢魔以及被绑住的茵蒂克丝，在得知闇咲掳人的动机后，上条决定帮助他解除他心仪女性的诅咒，两人在半夜从学院都市冲出去