明思宗崇祯末年，明末四公子之一的侯方域来南京参加科举考试，落第未归，寓居荧愁湖畔，经杨龙友介绍结识李香君，两人情好日密。订婚之日，侯方域题诗扇为信物以赠香君。
当时隐居南京的魏忠贤余党阮大铖正为复社士子所不容，得知侯方域手头拈据，遂以重金置办妆奁，托其结拜兄弟杨龙友送去以笼络侯方域，意欲借以缓和与复社的关系，被李香君看破端倪，义形于色，退回妆奁，阮大铖因此怀恨在心。
李自成攻占北京，马士英、阮大铖在南京拥立福王登基，改元弘光，擅权乱政，排挤东林、复社士子。时镇守武昌的宁南侯左良玉以清君侧为名兵逼南京，弘光小朝廷恐慌。因左良玉曾得侯方域之父提拔，侯方域遂写信劝阻，却被阮大铖诬陷为暗通叛军，侯方域为避害只身逃往扬州，投奔督师史可法，参赞军务。阮大铖等逼迫李香君嫁给漕抚田仰，李香君以死相抗，血溅定情诗扇。后杨龙友将扇面血痕点染成桃花图，这就是贯穿全剧的桃花扇的来历。
阮大铖邀马士英在赏心亭赏雪选妓，被李香君趁机痛骂以泄恨，但仍被选入宫中教戏。李香君托苏昆生将桃花扇带给侯方域，侯方域回南京探望，却被阮大铖逮捕入狱。
清军渡江，弘光君臣逃亡，侯方域方得出狱，避难栖霞山，在白云庵相遇李香君，在张道士点醒之下，二人双双出家。桃花扇》描写了一个朝代的灭亡，造成这个朝代灭亡的原因不是某一个人的过失，承担最后悲剧结局的也不是一个人，而面临悲剧命运进行抗争的也不只有一个人。所以，从悲剧主体来看，《桃花扇》的悲剧主体带有qun体性的特征。它描写的是qun体的悲剧。在个人与历史的对抗中，人的力量永远也无法最终战胜宇宙和历史，也永远都无法超越自己所处的时代，所以，个人的毁灭是必然的。在揭示了这样一种必然的结果后，《桃花扇》所展示的实际上是在注定的悲剧结局下个人的命运史。剧中的人物都有各种各样的缺点和错误，但是作者原谅了他们的这些错误，而向更深的层次寻求原因。从这样的角度来说，也可以说《桃花扇》是一部命运悲剧。人物不管怎么努力都无法摆脱自己的悲剧命运，而造成悲剧命运的原因，正如前所说，不是个人，也不再是社会，而是历史的必然的力量。
清·刘中柱《桃花扇题辞》：一部传奇，描写五十年前遗事，君臣将相，儿女友朋，无不人人活现，遂成天地间最有关系文章。往昔之汤临川，近今之李笠翁，皆非敌手。奇而真，趣而正，谐而雅，丽而清，密而淡，词家能事毕矣。前后作者，未有盛于此本，可为名世一宝。
清·沈默《桃花扇题辞》：《桃花扇》一书，全由国家兴亡大处感慨结想而成，非正为儿女细事作也。大凡传奇皆主意于风月，而起波于军兵离乱；唯《桃花扇》乃先痛恨于山河迁变，而借波折于侯李。读者不可错会，以致目迷于宾中之宾，主中之主。山人xiong中，有一段极大感慨；适然而遇侯李之事，又适然而逢苏柳之辈；是以奇奇幻幻，撰出全册，当在野史之列，不应作戏曲观。梁启超则认为它结构之精严，文藻之壮丽，寄托之遥深，是冠绝千古的。
近代·梁启超《小说丛话》：但以结构之精严，文藻之壮丽，寄托之遥深论之，窃谓孔云亭《桃花扇》冠绝千古矣
与主流的大团圆结局戏曲不同，《桃花扇》是少数能够将悲剧精神贯彻到底的作品之一。作者看到了现实生活中存在的不如意，但并没有企图掩饰或弥合这种不如意，作者与处于其中的悲剧人物一起思考为什么会出现这样的悲剧性事件，是否有一个可以指向完美的解决办法，到了戏曲结尾，作者没有而且似乎也不愿意再为这些不幸的人物寻找出路了，他通过人物的悲剧性结局更加清晰和残忍地向人们展示生活中存在的对立和分裂，并且，这种对立和分裂是无法弥合的。