《游戏王》主角武藤游戏用艾克索迪亚击败了海马濑人的3只青眼白龙，使艾克索迪亚开始扬名于世。战斗城市篇里狩猎罕贵卡的古鲁斯集团手卡也使用过盗版的艾克索迪亚卡组，开始时击败了城之内克也，随后被游戏识破并击败。在乃亚篇中，阴魂不散的海马刚三郎使用过艾克佐迪亚的亡灵。
在王之记忆篇中，守护法老王阿图姆的仆从——原持有千年钥匙的神官西蒙所使用的精灵就是魔神艾克佐迪亚，曾在一夜之间消灭了数以千计的敌军。但在与大邪神佐克的决战时由于西蒙年老体衰，而不能发挥其完全实力，最后战败。3000年后转世为武藤双六，再次收集了全部艾克佐迪亚的组件，并将其全部交托给孙子武藤游戏。