扶苏回宫之后，仔细想了想屠户说的话，他知道自己的政策肯定是有缺点的，但是他没有想到缺点这么快就来了，所以扶苏回到了清心殿之后，立刻写了一封旨意，这封旨意的内容主要就是如何实行科举制度，科举制度是中国历史上在选官制度中最具有根本性的一次改革，这次改革改变了魏晋南北朝以来上品无寒门，下品无氏族的选官制度，虽然在之后的发展中，历朝历代还是由达官显贵，名门望族，但是他们的特权相比之前要少了不少。
但是科举制度在发展到一定程度的时候还是出现了弊端，明朝以后，尤其是明朝中后期和整个清朝时期，科举考试城里系统化的八股取士，这让，明清两朝的文人再也没有了对新事物的探索和创新。扶苏既然能够在后世的眼光看科举，那么他希望凭借他和他所有大臣的努力，把科举改进一番。
扶苏在旨意中借鉴了明清的科举考试方法和科举考试流程，只不过把有关八股的事情进行了剔除，只保留四级考试制度，从童生试，乡试，会试一直到殿试。，会试第一叫解元，殿试第一叫会元，殿试录取分三甲。一甲三名，赐“进士及第”的称号，第二名称榜眼，第三名称探花，合称“三甲鼎”；二甲若干名，二甲的第一名称为“传胪”，赐“进士出身”的称号；三甲若干名，三甲的第一名称为“传胪”赐“同进士出身”称号。
考试的方法也与明清时期差不多，为了尽可能把科举舞弊的事情的发生，为了有防止贿赂主考官的事情的出现，扶苏用了武则天时期发明的糊名法，就是把考生的名字用一些东西糊住，不仅如此，扶苏还制定了誊录法，就是要有专人把考生写的字誊写下来，避免有考官能够看出考生的笔迹。
为了避免有夹带有与考试有关的答案或者书籍的人，所有的考生需要有一个专门写试卷的地方，这个地方叫做贡院，考生之间用墙壁隔开，并且在考生进入贡院之前，都会被士兵搜身，防止有人夹带不该有的东西。
还有就是不要让人代考，这就容易多了，每个考生都会画影图形，供人辨识。而且还会在他们为官之后每隔一年就会对他们的真实性进行甄别。
不同的是，隋朝时期发明的科举制度，只有儒家文化典籍作为考试唯一的标准，但是秦朝还处在百家争鸣的时代，即便是秦始皇焚书坑儒，扶苏提倡儒家的治世方法，但是其他的诸子百家还有不少人在学习，所以扶苏并没有限制考生的学派。
并且扶苏在圣旨的最后让刑部尚书狄仁杰制定关于科举舞弊的刑罚。科举的刑罚，扶苏一改之前仁慈的风格，科举舞弊的刑罚一定要严刑峻法，不留情面。
扶苏把这道旨意让李莲英和郑和去誊抄一番，然后分发给吏户礼兵刑工六部尚书，左丞相李斯以及医部尚书孙思邈。因为户部没有尚书，所以交给户部侍郎步骘，并且扶苏要求他们两天之后就要给自己意见。
正月二十七，这一天是顺天百姓宰年鸡的时候，从正月二十七这一天开始街道上就变得冷清了，绝大部分的百姓从今天开始不会再上街了。因此扶苏这一天也没有出宫，而是在宫里研究如何改进科举制度。
正月二十八，接到扶苏圣旨的大臣们都上了一封奏折，最先上奏折的人是医部尚书孙思邈，孙思邈乃是学儒家经典的人，在儒家的思想里，不为良相，即为名医，而且孙思邈就是寒门学子，所以他当然同意扶苏对科举考试的安排。
六部尚书中，蒙毅还是武将的想法，蒙毅只管实行，不管决策，所以蒙毅在奏折中写道：蒙毅并无异议，全凭陛下做主。陈平也同意扶苏的科举制度，他也是寒门出身，而且他也敏锐的感觉到，有了科举考试，那他吏部尚书的权力就会水涨船高。刑部尚书狄仁杰与兵部尚书蒙毅一样，全由扶苏做主，礼部尚书和工部尚书也都没有什么异议。户部侍郎步骘的资历还不足以反对扶苏，所以他也没有反对扶苏。
只不过，左丞相李斯就不这么想了，因为李斯现在就是名门望族，现在寒门学子要是有上升的通道，那他家族的人想做官可就不容易了。
所以李斯在奏折中写到了科举考试的弊端，比如说花费巨大，而且不易开展，所以他希望扶苏三思。
扶苏当然知道他的想法，只不过他并没有搭理李斯，既没有反对，也没有同意，扶苏一道旨意把礼部尚书张纮，礼部尚书陈平，和户部侍郎步骘招进宫来。
一炷香之后，这三个人都来到了清心殿。
“步骘。”
“臣在。”
“我大秦年底的收入以及明年的收入大概能有多少。”
“回陛下的话。我大秦今年一年因为休养生息，所以我大秦因为之前的战争和先帝横征暴敛造成的伤害已经基本上被抹平了，而且范仲淹，王安石和刘晔三位太守的付出，让西北边境上比较贫瘠的三个郡变得比之前还富有了，我大秦的国库里，用一万石的存粮。八千匹布帛。一千万两银子。”
“好，在明年开始，朕就要实行科举制度了，张纮，科举考试要由你主持，童生试和乡试都在地方上进行，你要与地方的官员交流一番，让他们要在二月份集体召集文人进行考试。考过去的人成为秀才。童生试考过去的人要在明年八月进行乡试的考试，乡试要在每个郡的治所考试，乡试考过去的人要在明年二月参加会试，会试要在京城考试，你与陈平为主考官。童生试，乡试和会试都由你和陈平出题。”