征台战役，由杨国瑞负责指挥。未来的台湾军政委员会主任，也将由杨国瑞担任。
杨国瑞年轻有为，又是杨烜的九叔，地位晋升很快。征越战役中，杨国瑞担任征越军司令部参谋长，辅佐罗大纲攻下交趾，事后受封男爵，军衔晋升为准将。
有了这种经历，杨国瑞便有了独当一面的资本。再加上交趾局势已经稳定，杨烜特意抽调他进攻台湾。
5月10日，征台军从金门出发，前往征伐台湾。
部队分为两个梯队，第一梯队照例由南洋舰队担任先锋。第二梯队共七千多人，主要由步兵第二师两个步兵团组成。
第二师一直驻防交趾。因交趾战事已靖，步二师特意抽出两个步兵团，作为进攻台湾的陆军主力。事后，杨国瑞将以这两个步兵团为基础，组建台湾守备师。
5月11日，南洋舰队先遣支队抵达澎湖。澎湖位于西南部海域，是台湾清军防范大陆来敌的防御重点。
清军福建水师设有一个台湾镇总兵，为清朝在台湾的最高武官。此公是个旗人，不愿不战而降，在澎湖集中了一批战船，主动迎战革命军。
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南洋舰队有六艘蒸汽战舰参战，最大一艘排水量为两千三百吨。这些蒸汽战舰都是西式木质战舰，有四艘购自外国，两艘自造。铁甲炮艇排水量小，不能远洋作战，所以并未参战。
令人意外的是，台湾镇水师战船上，已经装备上了洋炮，还有少量怡和公司生产的旧式火炮。这种新式火炮较清军自铸火炮先进得多，对革命军水师亦有威胁。
原来，瑞麟做闽浙总督时，听从幕僚徐师爷的建议，购买了一批洋枪洋炮。
近海作战，革命军海军有铁甲炮艇打头阵，完全不惧洋炮。在澎湖外海，台湾镇水师战船上有洋炮，革命军就不能等闲视之了。
然而，海军作战最是讲究，有炮而无船，有船而无阵法，同样无济于事。清军台湾水师虽有洋炮，却没有得力的战船，仍以老旧的鸟船、赶缯船为主，数量虽多，却全然不是西式战船的对手。
澎湖一战，台湾镇水师丢盔弃甲，战船或被击沉，或举白旗投降。杨国瑞年轻气盛，一面令海军战船继续搜剿清军战船，一面下令登陆澎湖，夺占清军炮台。
澎湖是台湾的门户，澎湖一失，台湾顿失屏障。
清朝在澎湖设置一个澎湖厅，隶属于台湾府。
步兵第二师副师长冯子材，率二团登陆澎湖。冯子材在征越战役中表现突出，被晋升为步二师副师长。此次征台，冯子材统率陆军主力。若表现得力，预计将成为台湾守备师的第一任师长。
所以，冯子材作战颇为卖力。他率领一千余名登陆兵，乘坐舢板，乘涨潮时登陆澎湖主岛。清军依托炮台阻击革命军。
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冯子材指挥两个尖刀连，冒着炮火逼近清军炮台，与清军短兵相接。清军与革命军远距离对射火器，尚能差强应付。一旦短兵相接，清军不敢白刃战，或投降，或逃散。
澎湖是串列岛，四面环海。惊散逃窜的清军败兵，无路可去，最终只得投降革命军。
澎湖厅同知，也是个识时务的人，随即奉上公印，向革命军投降。
清朝的厅，与州县一样都是基层行政机构。但厅往往设在偏远的地方，时设时变，其主官称为“同知”或者“通判”。
在正常的州县里，同知、通判都是佐贰官，隶属于知县、知州。厅同知，或者厅通判，却是掌印的正官，只是其官阶低于知县、知州。
第二天，杨国瑞登陆澎湖，在澎湖设置行辕，布置对台战事。征台军总人数还不足一万，杨国瑞打算先抚后剿，争取不战而屈人之兵。
下午，他正在与幕僚推敲军报，主要是汇报澎湖之战的经过，以及下步对台策略。另有一个“夹片”，报告在清军中发现了怡和公司生产的火炮，请军政府酌情调查。
与清朝一样，越国奏折制度里也区分正文、“夹片”。正文里不便叙述的隐秘事项，常常附在夹片里。
亲兵来报，说澎湖厅同知求知，愿意献计攻占台湾。杨国瑞求之不得，当即传令接见。
澎湖厅同知姓林名肃，举人出身，为人颇有见识。一见到杨国瑞，倒头就拜，说道：“大帅兴义师解放澎湖，敝人未能箪食壶浆以迎王师，任由清军布置防御，罪过罪过。”
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杨国瑞笑笑，说道：“先生是文官，不负责军事，不能节制清军，我不怪你。听说先生满腹经纶，不知有何见教？”
林肃见杨国瑞彬彬有礼，大为好感，说道：
“敝人祖籍福建漳州，从小在台湾长大。听说革命军解放漳州，秋毫无犯，昨日打下澎湖，又军纪严明，毫无扰民滋事之举。敝人感慨不已，愿为大帅献计，助大帅早日夺下台湾。”
林肃谈吐不凡，杨国瑞深感兴趣，把他延为上宾。却听他继续说道：
“台湾孤悬海外，与大陆若即若离。台湾百姓多为福建、广东的移民，对满清离心离德。康熙六十年，朱一贵在凤山县发动起义。乾隆五十一年，天地会林爽文在彰化县发动起义。
“这两大民变规模很大，影响深远。自此之后，台湾常有民变。民变之外，又有高山生番与汉人垦民之争。汉人开垦田地，侵占高山族领地，彼此攻伐不断。
“所以，朝廷常常视台湾为化外之地。庸碌的官员胆小怕事，倦于政事。胆大的官员则以土皇帝自居，大肆聚敛。台湾各地，也形成了若干个世家大族。若能得到他们的支持，大帅征台必将一帆风顺。”
这个思路，倒与杨国瑞不谋而合。林肃熟悉台湾的情形，向杨国瑞介绍了不少台湾世家大族的秘辛。
譬如，坂桥林家，一直都是当地的大地主。林爽文起义后，福康安率军平叛。台湾米价暴涨。林家因为经营米业，积累了巨量的财富。
再如雾峰林家，与坂桥林家同源同祖。林爽文叛乱时，雾峰林家卷入其中，被官府抄没了家产。雾峰林家改为经营林地和木炭业，再度兴旺。【1】
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他们吸取了前面的教训，政治嗅觉极为敏感。太平军攻占天京，雾峰林家派人参战，助饷，帮清军攻打太平军。革命军占有岭南，他们又积极与越国开展贸易合作，不惜代价销售大米，以与越国交好。
基隆颜家则通过开垦土地，种植茶叶，在基隆等地站稳了脚跟。随着基隆发现大型煤矿，颜氏家族投入了采矿行业，涉足煤炭开采、运输、销售，由此而发家致富。
这些世家大族盘踞台湾各地，把控台湾基层政权。林肃虽为澎湖厅同知，亦要对他们礼让三分。
但杨国瑞却有把握压服这些世家大族：
第一，世家大族空有其名，多靠投靠官府发家致户。这就意味着，世家大族的实际影响力有限，只会见风转舵，不大可能激烈抵抗革命军。
第二，革命军主张“均田免赋”，对台湾底层百姓有着很大的号召力。百姓对革命军翘首以盼，世家大族无力阻挡这一趋势。
第三，革命军优待俘虏，实力高于清军。台湾清军孤军守卫台湾，人数还不及征台军，抵抗意志有限。
因此，杨国瑞一面派军舰巡游台湾，威慑清军，侦察敌情；一面向各地传檄，要各地清军无条件投降。