攻占扬州后，稍事休整，多铎即率部渡过长江，克京口镇江，直逼南京城下。
天突然下起了滂沱大雨，多铎透过窗户往外看着道：“这地方果跟咱们家乡不同，繁华又富庶，唉，只不知咱们的劝降计划能否成功？”
洪承畴信心十足地道：“洪某早在攻占扬州之前，就分别给他们写了信，他们虽然没有给回信，但对信使并没有跟过去那样声色俱厉地斥责，这说明他们的态度还是有所转变的。
如今，他们的皇上已经先逃了，咱们又兵临城下，前面还有扬州之鉴，以洪某对他们的了解，他们虽不会甘心臣服，但为了百姓，应该还是会选择归降的。”
多铎道：“但愿吧，若是他们实在不识趣儿，咱就再给他来一个‘南京十日’。”
洪承畴不由自主地打了个冷战，颇有点儿讨好意味地笑道：“王爷的另一手准备恐怕要用不上了。”
多铎从招降中尝到了甜头，自然也不想轻易开战，闻言，“哦”了一声，极感兴趣地道：“正好闲来无事，不妨说来听听。”
洪承畴沉思着道：“王爷尚未南下时，摄政王就曾派承畴秘密南下，见过钱谦益。
钱谦益的妻子柳如是对承畴横眉冷对，钱谦益虽也不是很热情，却也没有把承畴来访的事儿张扬出去，还亲自送承畴北返，而且承畴觉得他并不坚决反对承畴的观点。
这次，承畴又给几乎所有的熟人写了信，除了钱谦益、赵之龙、王铎三个没有回信外，其他人居然都回了信。
承畴以为，他们也不会无动于衷的，或许此时他们正商量着怎么归降呢。”
多铎喜道：“果如此，本王进入南京，尽力抚辑明朝遗民，首先，以定国大将军豫王令旨遍谕各处 ，告诉他们，我军称平定东南，乃是‘奉天伐罪，救民水火’，并张榜示谕臣民，严禁胡服辫发。
其次，本王还要于扬州立史可法祠，表彰史可法的忠节，同时还要去报恩寺上香，拜谒明孝陵，礼遇前朝皇族。
当然了，本王也要告诉他们，若抗拒不降，扬州屠城便是前车之鉴。”
洪承畴稍稍放了心，道：“南京乃伪明的都城，占领并稳定之还只是第一步，更重要的是要迅速地控制江南。”
多铎猛地拍了一下额头，道了声“提醒的是”，快步走至地图前看着，半晌才又道：“一旦进入南京，当即命诸将向江南各地推进。可是，咋个推进法呢？”
洪承畴跟过来，顺着他的目光转动着，已听他又道：“ 不妨兵分三路，一路由各路降将负责，分道招降南京周边郡县，李成栋去浙北、刘泽清去苏南、刘良佐去皖南等；
再一路，由尼堪、耿仲明等率领八旗军五千人和耿军、沈军（续顺公沈志祥）全部合计水陆大军一万五千多人，在刘良佐配合下迅速抢占九江、安庆；
三一路，由博洛、孔有德等率领八旗军七千人和耿军全部合计两万人，先行追击逃亡的明安宗。
本王则坐镇南京，完成稳定南京的大任，并随时准备支援另外的三路大军。”
说完，自得地看了看洪承畴。
洪承畴稍顿了顿，道：“王爷所虑已甚为周全，如此的话，江浙可定，承畴认为，到那时，可奏请皇上和摄政王，改南京为江南省。
而后，以南京为中心，各重镇要道派驻八旗重兵，雄视赣、闽、湘、粤、桂等省，随时准备继续南下，扫荡各地的抗清武装和明朝残余势力。”
多铎好奇地看着洪承畴，直到把洪承畴看得不好意思，才噗嗤一笑，轻轻拍了拍洪承畴的肩膀，道：“怪不得皇上和摄政王都看重洪公，洪公果然高瞻远瞩。”
洪承畴待要谦逊一番，中军匆匆进来道：“启禀王爷，伪明忻城伯赵之龙、大学士王铎、礼部尚书钱谦益等，出城请降，希望大军进城后勿伤百姓。”
多铎一愣，看了看洪承畴，问道：“当真？就这样冒着雨？”
中军道：“正是。”
多铎道：“好，走，随本王前去受降。”说着，已往外走。
把左梦庚等赶进九江后，黄得功原准备来日即乘胜进兵，收降左梦庚残部。不料，左梦庚竟带了一部分人，连夜向阿济格部投降，余部被李自成手下大将白旺部招降。
没办法，黄得功只得收兵驻防芜湖。刚进芜湖，扬州和南京相继失陷的消息就传了过来，黄得功大惊道：“皇上可安好？”
总兵翁之琪道：“听说在他们献城之前，皇上就已经出走了，没人知道皇上现在在哪儿？”
黄得功顿脚道：“皇上可是咱们反清复明的依靠，若是没有了皇上，原就乱成一团的反清势力必将分崩离析，快，从速安排人去寻，务要保证皇上的安全。”
翁之琪道：“靖国公所言甚是，末将这就命人去寻。”
这时，中军匆匆引了几个人进来，道：“启禀靖国公，这人说是您的亲戚，有十万火急的事儿找您，属下不敢耽搁，直接带他过来了。”
黄得功一愣，抬头去看，居然是弘光帝朱由崧和皇太后邹氏等家眷，忙跪倒行礼道：“您怎么一个人来了？”
朱由崧泄气道：“一路辗转，跟马爱卿等失散了，朕只得一个人到你这儿来了。”
说着，扶起黄得功，自去坐了。
黄得功道：“皇上如果死死地把守南京，我们还能够尽力抵抗，为什么听信奸贼的话，匆匆忙忙来到这里?况且我正在对敌作战，怎么能够保护您的车驾?”
朱由崧道：“除了爱卿，朕已无可依靠了。”
黄得功心中感动，流泪道：“皇上但请放心，得功誓死捍卫皇上。”
话音刚落，一探马匆匆来报：“启禀靖国公，叛将刘良佐引了清兵正奔我部而来，现已至荻港附近。”
黄得功大叫了声“来的正好”，转向弘光帝道：“皇上且请先歇会儿，待得功击退敌兵再叙。”
说着，接过随从递过来的酒坛，咕咚咕咚一饮而尽，随手扔到地上，又道：“诸将且随我去迎敌。”
这是黄得功的习惯，上阵前必要饮酒。只要饮过了酒，黄得功就会意气风发。此时，虽然大战左梦庚部时所受的伤尚未痊愈，仍在吊着胳膊，黄得功依然威风凛凛。
刘良佐及其所部，仗着清兵的威势耀武扬威还行，却哪里是黄得功所部的敌手？不一会儿，便已被擒斩过半，纵使尼堪率八旗军加入作战，还是被黄得功所部打得连连后退。
刘良佐在多铎面前夸下了海口，大急，跑到船头，大声招降黄得功所部兵将。
黄得功不知此乃刘良佐诱敌之计，大怒，破口大骂。
早已躲于刘良佐背后的张天禄，瞅准了机会，一箭朝黄得功射去，正中黄得功咽喉。
黄得功大吼了一声，仰面倒地而亡。
清军借机反扑，明军舰船或被撞沉，或被焚毁，士兵落水死者不计其数，在岸上的逃亡者又遭到了清军骑兵的屠杀，死者万人。
早有异心的马得功、田雄趁乱冲上御舟，劫持了弘光帝朱由崧。
总兵翁之琪，奋力相救，没有成功，又见部下死伤殆尽，不由万念俱灰投江而死。
黄得功的妻子翁氏听说丈夫战死，军队惨败，再无生念，带二女投了江。
弘光帝朱由崧被劫持后，苦苦哀求马得功、田雄等放了自己，遭到拒绝后，猛然抱住了田雄，狠狠地咬他的脖子，被人拖开后才算罢了休。
马得功、田雄等人大怒，把之当作降清的见面礼送给了清军。
弘光帝朱由崧竟能威武不屈，被杀于菜市口。